Przyczyną powstawania autoimmunologicznych chorób pęcherzowych są przeciwciała skierowane przeciw autoantygenom naskórka, nabłonka i błony podstawnej. Wszystkie autoimmunologiczne choroby pęcherzowe mogą wystąpić u dzieci, jakkolwiek z różną częstotliwością. Najczęściej choroba Duhringa-dermatitis herpetiformis ze współistnieniem choroby trzewnej (celiakii) na ogół utajonej. Znacznie rzadziej występuje u dzieci linijna IgA dermatoza-linear IgA bullous dermatosis (LABD) na ogól między drugim a piątym rokiem życia.
Bardzo rzadką autoimmunologiczną chorobą pęcherzową u dzieci jest nabyte pęcherzowe oddzielanie się naskórka - epidemolysis bullosa acyuisita (EBA). Pemfigoid - bullous pemphigoid (BP) i wszystkie jego odmiany występują u dzieci wyjątkowo. Bardzo rzadko występują też u dzieci wszystkie odmiany pęcherzyc - pemphigi, stosunkowo częściej pęcherzyca pospolita - pemphigus vulgaris i liściasta - foliaceus, przebieg jest łagodniejszy niż u dorosłych. Opryszczki ciężarnych u noworodków - herpes gestationis neonetorum zwane też pemphigoid gestationis neonatorum występują u 15% noworodków matek chorych na tę dermatozę wskutek przejścia przeciwciał przez łożysko do płodu. Zmiany skórne u noworodków ustępują samoistnie po kilku tygodniach.